主人公。『はぐれ町』に住む天下の義賊。『からくり道中』で庶民を救うために立ち上がった義賊、ゴエモンとして初登場する（『Mr.五右衛門』では表記が五右衛門であり、ストーリーも異なるため、厳密にはこれをゴエモンの初登場作品とは言い難い）。モデルは安土桃山時代に存在したとされる盗賊『石川五右衛門』。月代を伸ばした髪形と赤地の忍び装束、目尻と口の両端に施された赤い隈取がトレードマーク。『ゆき姫救出絵巻』以降は、月代から伸びた髪が黒色から青色に変わった。
性格
喧嘩っ早いちゃきちゃきの江戸っ子で、困っている人を見過ごせないお人好し。また、かなりの女好き。
武器
得意武器はキセルと投げ小判で、『奇天烈将軍マッギネス』以降はチェーンキセルも愛用している。変わった武器としては、ねずみ花火（『ゴエモン2』）、ヨーヨー（『ゆき姫救出絵巻』）などがある。
漫画版の設定
漫画版では、ヤエにおだてられるなどで興奮すると美男子に変身して通常時よりも強くなるが、普段は誤ってエビス丸とキスをしてしまったりヤエを妄想した姿で鼻血を噴き出すなど、スケベで間抜けな部分が強調されたギャグメーカーとして描かれている。
その他
同社の『コナミワイワイワールド』を始めとして、様々なゲームにゲストキャラクターとして数多く出演している。『宇宙海賊アゴキング』のOPアニメにて、寝る時は全裸で寝るようだ。
エビス丸
声優：緒方賢一
『正義の忍者』を自称するゴエモンの相棒。『ゴエモン2』で同じ牢獄に繋がれた忍者、エビス丸として初登場する。モデルはMSX2版『からくり道中』の2Pとしても登場し、江戸時代後期の文政年間に存在したとされる盗賊『鼠小僧次郎吉』（ただし、エビス丸のイメージ自体はコナミ所属のゲームプログラマー、蛭子悦延だとする旨の公式アナウンスが存在する）。関西弁で話し、名前の通りに恵比寿を思わせるような福々しい顔に恰幅の良い体型、青地の忍び装束と併せのほっかむり（『外伝』シリーズおよび『獅子重禄兵衛のからくり卍固め』以降の同キャラ選択時における2Pカラーでは白）がトレードマーク。
性格
どんな場面であろうともボケをかますという、一種の執念にも似た信念を持っている。ひたすらマイペースな性格だが、ボケを通り越したナルシルトでもある（ただ、自身そっくりなビスマルを不細工と言い切っている）。特に自身の美貌をけなされる場面などでは、表情は変わらないが烈火の如く怒るという一面を見せる。かなりの大食漢で、特に団子が好物。
武器
得意武器は笛と手裏剣（『ゴエモン2』『消えた黄金キセル』『天下の財宝』『ゆき姫救出絵巻』）だが、なにわのハリセン（『奇天烈将軍マッギネス』『大江戸大回転』）、フラフープ（『獅子重禄兵衛のからくり卍固め』『もののけ双六』）、魅惑のリボン、クラブ、ボール（『きらきら道中』）、こづち（『ネオ桃山幕府のおどり』）、しゃもじ、羽子板（『でろでろ道中』）、マジックハンド（『宇宙海賊アコギング』）、フライパン（『綾重一家の黒い影』）、ハンマー（『もののけ道中』）、まんぷくコテ（『星空士ダイナマイッツあらわる!!』）、おでん（『大江戸天狗り返しの巻』）など、シリーズごとに様々な武器や道具を自在に使いこなす。
漫画版の設定
漫画版では、食い気の他にゴエモンを溺愛する同性愛者として描かれている。また、何があっても取らないほっかむりの下には謎が秘められている（ゴエモンが気になって何度か取ってみたが、何回取っても同じほっかむりであったり、キノコが生えていたりしていた）。
その他
『ゴエモン2』のエンディング中において女性である事が明らかになる。以降のシリーズでは無かった事にされている（『ゴエモン2』自体がパラレルワールド、『消えた黄金キセル』以降に登場する現在のエビス丸とは別人など諸説あるが、これについては『がんばれゴエモン2 エビス丸について』で詳しく検証されている）が、エビス丸が風呂屋に入る場合、女湯に入らないとライフが回復しないなど女性だと分かる描写も多々ある。
『ワイワイワールド2 SOS!!パセリ城』にゲストキャラクターとして参加し、WORLD8の案内役および『モアイ遺跡』の回転砲台役で出演しており、ゴエモンが主人公として登場していない数少ないシリーズ作品の一つ『それいけエビス丸 からくり迷路』では主役を務めた。
『でろでろ道中』のエンディング中において『マオ』というエビス丸そっくりの娘が登場し、一児の父である事が判明するが、以後どうなっているのかは不明。
サスケ
声優：堀絢子（『きらきら道中』『ネオ桃山幕府のおどり』『でろでろ道中』）→坂本千夏
物知りじいさんが生み出したからくり忍者の傑作。『ゆき姫救出絵巻』のステージ5のボス、『からくり忍者 サスケ』として初登場し、『奇天烈将軍マッギネス』からプレイヤーキャラクターとして参加する。
性格
普段は生真面目かつ硬派で、忍者らしく語尾に『ござる』を付けて話し、頭脳に搭載されている高性能演算処理装置を使って状況を冷静に分析、判断するなどの参謀的役割を担っているが、『きらきら道中』『でろでろ道中』では女装して登場したり、『獅子重禄兵衛のからくり卍固め』では自爆した後に何事も無かったかのように現れて『あれはジョークだ』と平然と言ってのけたり、『もののけ道中』などではスイッチ一つで善悪のプログラムが切り替わったりと意外性を秘めている。風呂と日本茶に目が無く、『もののけ双六』では密かに羊羹にも目覚めている。
武器
得意武器はくないと花火爆弾。ちょんまげを伸ばして攻撃することも可能。シリーズを通して見ても『奇天烈将軍マッギネス』での『八方くない投げ』、『獅子重禄兵衛のからくり卍固め』での『波動くない』、『きらきら道中』での『くない壁登り』『大花火爆弾』など、RPG作品でない限り他の武器を使う描写は見られない。
漫画版の設定
漫画版ではちょんまげで遊ばれたり、読者からの投稿で勝手に改造させられるなど周囲の行動によって不幸な目に遭う事が多く、気苦労が絶えないキャラクターとして描かれている。読者からの評判が高く、人気投票では主役のゴエモンや高い人気を誇るヤエを抑えて1位に輝いた(2位ヤエ、3位ゴエモン、4位エビス丸)。
ヤエ
声優：小野綾子（『きらきら道中』）→笠原留美（アニメ版では久川綾）
江戸の平和を影から守る『秘密特捜忍者』の一人。『消えた黄金キセル』でゴエモンを追う秘密特捜忍者として初登場し、『ゆき姫救出絵巻』『奇天烈将軍マッギネス』でのゲストキャラクターを経て『獅子重禄兵衛のからくり卍固め』からプレイヤーキャラクターとして参加する。『消えた黄金キセル』では黒色の髪に青地の忍び装束、『ゆき姫救出絵巻』では青色の髪に紫地の忍び装束（『獅子重禄兵衛のからくり卍固め』以降の同キャラ選択時における2Pカラーとして残る）、『奇天烈将軍マッギネス』以降は黄緑色の髪に薄い紫地の忍び装束で落ち着いたが、1999年の同時期に発表された『もののけ道中』『もののけ双六』の双方にて現在のミニスカートの忍び装束に変更されており、衣装と髪の色で様々な変遷をたどっている。
性格
『秘密特捜忍者』という職業のため、何事においても早耳であり、与えられた任務を完璧かつ忠実にこなすキャリアウーマンである一方、経験と実績に裏打ちされた確かな分析と推理でゴエモン一行を導くお姉さん的存在。普段は優しいが、時折毒を吐いたり、ゴエモンとおみつの仲を愚痴るなど子供っぽい一面ものぞかせる。また、相当な酒乱であり、それを目の当たりにしたゴエモンは目が飛び出るほど驚いていた。
武器
得意武器は忍者刀とバズーカ砲で、RPG作品では専用武器として弓も扱う。また、武器ではないが忍術の使用に長けており、『消えた黄金キセル』で最初に対面した際には必ず動きを封じる『金縛りの術』、仲間になってからは回復系統を主軸とした数々の術を扱い、『獅子重禄兵衛のからくり卍固め』以降は『人魚変化の術』を使うようになった。
漫画版の設定
漫画版では、生真面目ではあるが少し砕けた雰囲気を持つお姉さんキャラクターとして描かれている。本来のヒロインであるおみっちゃんに代わって実質的なヒロイン役を長く務め、帯ひろ志が独自にデザインした忍び装束（赤いブルマ付の全身アミタイツとパンツ部分がモロ見えの短い着物）とお色気シーンの描写の相乗効果で、読者から高い人気を誇った。
その他
趣味はあんドーナツ作り。『もののけ双六』であんドーナツ作りを極めてしまい、今度はクロワッサン作りに凝りだす。
ヒトエという姉、おゆきという従姉妹がいる。
ゴエモンインパクト
声優：松本保典
おみっちゃん
声優：丹下桜→小林沙苗（『大江戸天狗り返し』）
ゴエモンの住む『はぐれ町』のアイドルであり、シリーズのヒロイン。『からくり道中』『ゴエモン2』でボーナスキャラクター『町娘』として初登場し、『消えた黄金キセル』からゴエモンと同じ長屋に住む町娘『おみつ』というキャラクター設定が付与されて現在に至る。ヒロインという立場であるため、何かと敵にさらわれる事が多い一方で、九州まで徒歩で団子の出前に向かったり、『もののけ道中』にて最終ボスを一蹴したりするなど、ヒロインらしからぬ非常識な行動を平然と取る事も多い。
チルー オストメ ミモレ サイド ジャック プレクリ スコポフ きゅうてい スパイス ウフジ ラップ トーシュズ サイレン ノーカ キンセン チャイルド スター ホンコン デックス きゅう メトセク ルーキー バリヤー シュルレ フォトス フィブリン トリプタン ソユーズ ワゴン シェア すあわ ステージ ボケＳＥＯ ムルロ グルベド どふぇ ユニオ スマッ ブレテ アイス テーブル ファシズム 男船日本 未来地図 端玉アク シブシップ 長崎赤 ケイトウ モンゴ サイフォン
性格
とにかく元気で人当たりが良く、誰からも好かれているため、勤め先の茶店では看板娘で通っている。ただし、やや移り気な所があり、ゴエモンに好意を持ちながら『獅子重禄兵衛のからくり卍固め』で登場した獅子重禄兵衛に惚れ込んでしまった事もある。
武器
武器ではないが、商売道具としてお盆と団子を常に手にしており、そこに注目した物知りじいさんが『でろでろ道中』で作り上げた巨大からくりサポートメカ『ミスインパクト』に持たせた。
漫画版の設定
漫画版では、非常に自己顕示欲の強い女性キャラクターとして描かれており、腕力もかなり強い（クリスマスの一芸披露で本物のバーベルを持ち上げるなど）。また、ゴエモンに『浮気をするな』と言っておきながら、自分は平気で浮気をしたりする性悪な一面も見せている。〜獅子重禄兵衛のからくり卍固め〜3巻で将来ゴエモンの奥さんになると書かれている。
その他
キャラクター設定が定着した後に発表された『ゆき姫救出絵巻』では、ボーナスキャラ『町娘』の座を『おはなちゃん』に譲った。
彼女の母親とおぼしき人物が『消えた黄金キセル』で、父親とおぼしき人物が『奇天烈将軍マッギネス』『宇宙海賊アコギング』で登場しているが、名前は不明。